Философские взгляды Парацельса, изложенные им во многих трудах, сводились к следующему: между природой и человеком должна существовать гармония. Необходимым условием создания разумного общественного строя являются совместный труд людей и их равноправное участие в пользовании материальными благами. В философских работах Парацельса приводятся также основные доводы против богословской, враждебной естествознанию идеологии средневековья, дается резкая критика общественных отношений во времена феодализма и эпохи раннего капитализма.
В 1528 г. Парацельсу пришлось тайком покинуть Базель, где ему угрожал суд за вольнодумство. Последние годы жизни он скитался по городам Эльзаса, Баварии, Швейцарии. Скончался ученый 24 декабря 1541 г. в Зальцбурге.
Уже в годы учения Парацельс заинтересовался химией. Он не только делал опыты, но и работал на рудниках и горных заводах. Но самое большое значение Парацельс придавал применению химии в медицине, что привело к возникновению иатрохимии.
Когда Парацельс был студентом, в университетах химия как отдельная специальность не преподавалась. Теоретические представления о химических явлениях рассматривались в курсе философии в свете общих представлений о возникновении и исчезновении веществ. Экспериментальной же работой в области химии занимались многочисленные аптекари и алхимики. Последние, делая опыты по «трасмутации» металлов, не только открывали новые способы получения различных веществ, но и развивали натурфилософские учения древнегречских философов Аристотеля, Эмпедокла, Левкиппа, Демокрита. Согласно этим учениям, все вещества в природе состоят из более простых частей, называемых элементами. Такими элементами по Левкиппу и Демокриту были атомы - мельчайшие частицы бескачественной первичной материи, различные только по величине и форме. Их смешением и разделением объясняли существование множества веществ окружающего мира, столь различных по свойствам. Согласно учению Эмпедокла, все тела образованы из четырех основных элементов - «стихий»: огня, воды, воздуха и земли. Эти элементы состоят из мельчайших осколков, разнообразные формы механического смешения и разъединения которых, обусловленные их взаимной «любовью» или «ненавистью», приводят к образованию различных веществ.
Согласно учению Аристотеля, также все вещества состоят из четырех элементов. Поскольку Аристотель считал представления Эмпедокла недостаточными для объяснения значительных изменений свойств веществ при их превращениях, он ввел новые положения в учение о составе и свойствах веществ. При этом Аристотель исходил из предположения, что окружающий мир состоит из первоматерии, обладающей четырьмя основными свойствами: холодом, теплом, сухостью и влажностью.